インボイス制度対応ソフト おすすめ5選｜2025年最新版【中小企業向け】

インボイス制度とは

インボイス制度（適格請求書等保存方式）は2023年10月から開始された消費税の仕入税額控除の新しい制度です。仕入税額控除を受けるためには、適格請求書発行事業者から発行された「適格請求書（インボイス）」の保存が必要になりました。中小企業・個人事業主は対応ソフトの導入が急務です。

インボイス対応ソフトを選ぶポイント

• 適格請求書の発行機能：登録番号・税率・消費税額を正確に記載できるか
• 受領した請求書の管理：インボイス番号の自動チェック機能があるか
• 電子帳簿保存法への対応：タイムスタンプ付与・検索機能があるか
• 既存ソフトとの連携：使っている会計ソフトと連携できるか

第1位：freee会計

インボイス制度・電子帳簿保存法に完全対応。適格請求書の発行・受領・保管をワンストップで管理できます。スタータープランから対応しており、個人事業主〜中小企業まで幅広く使えます。

• 料金：月額2,178円〜
• 強み：使いやすいUI・インボイス対応・確定申告連携

第2位：マネーフォワードクラウド会計

インボイス制度・電子帳簿保存法に対応。金融機関連携数が業界最多で、受け取った請求書データを自動で取得・保存できます。経理担当者がいる中小企業に最適です。

• 料金：月額5,280円〜
• 強み：金融機関連携・シリーズ連携・高精度なデータ化

第3位：弥生会計オンライン

インボイス制度・電子帳簿保存法に対応。従来の弥生ユーザーがスムーズに移行でき、電話サポートも充実。適格請求書の発行・受領に対応した請求書ソフト「Misoca」とも連携できます。

• 料金：年額26,000円〜
• 強み：サポート充実・弥生ユーザーに最適

第4位：バクラク請求書

請求書受領に特化したサービス。AI-OCRでインボイス番号を自動読み取りし、適格請求書かどうかを自動判定します。電子帳簿保存法のスキャナ保存要件にも対応しています。

• 料金：月額30,000円〜（要見積もり）
• 強み：インボイス自動判定・高精度OCR

第5位：BILL ONE

Sansan社が提供する請求書受領サービス。あらゆる形式の請求書を一元管理し、インボイス対応・電帳法対応を両立できます。大企業での導入実績が豊富です。

• 料金：月額30,000円〜（要見積もり）
• 強み：高精度データ化・大企業実績

まとめ

個人事業主・小規模事業者ならfreee会計、経理担当者がいる中小企業ならマネーフォワードクラウド会計、請求書受領の自動化に特化したいならバクラク請求書がおすすめです。まずは無料トライアルで操作感を確かめてください。